ويمكن حصر مهام قيادة طيران الأمن خارج خطة الحج في الإطفاء , والبحث والإنقاذ , والإخلاء الطبي , والتدريب الأمني لقطاعات وزارة الداخلية الأمنية والمشاركة في الفرضيات , ومراقبة حركة السير في الرياض وجده, إلى جانب مسح الحدود حيث تشارك وباستمرار عدد من الطائرات في مسح الحدود البرية والبحرية بمختلف مناطق المملكة، لرصد حالات التهريب والتسلل.
ويأتي دور طيران الأمن وبتوجيه من صاحب السمو الملكي الأمير محمد بن نايف بن عبدالعزيز وزير الداخلية، مسانداً لجميع القطاعات الأمنية بما فيها حرس الحدود، وفق تنسيق متقن من أجل تنفيذ أي متطلبات لحماية أمن الوطن والمواطن، حيث أن طائرات الأمن مهيأة للمسح والاستطلاع، والتدخل السريع، ونقل الضباط والأفراد، وجميع المهام التي يستدعيها أي موقف.
وتساند قيادة طيران الأمن القطاعات الحكومية الأمنية والمدنية كمركز أبحاث الحج والعمرة , والتعداد السكاني , وخط قطار الشمال , وفي المناسبات الوطنية والأعياد والمناسبات الرياضة ورالي حائل ورالي جده, إلى جانب جولات لوسائل الإعلام المختلفة في المناسبات وموسمي رمضان والحج.