ولكنه أصبح فيما بعد جامعاً واستمر كذلك لمئات السنين
و معني كلمة ? آيـا صوفيا ? أي ? الحكمة المقدسة ? ، حيث كان ? آيـا صوفيا ? قبل الفتح الإسلامي لاسطنبول كنيسة نصرانية بناها الأمبراطور الروماني ? جوستينان ? سنة 326م ، و بعد فتح الأتراك العثمانيين لمدينة أسطنبول أمر السلطان ? محمد الفاتح ? بتحويلها إلى جامع سنة 875هـ / 1453م ، وبنى للمسجد منارة خشبية مع محراب وأطلق عليه اسم ? آيا صوفيا ?.
ثم في عهد في عهد السلطان ?بايزيد الثاني? بني ? لآيـا صوفيا ? منارة من الحجر بعد أن كانت من الخشب ، وبنيت له قبة كبيرة . وبعد ذلك بنى السلطان ? محمود الأول ? مكتبة في الفناء الداخلي للمسجد وفي طرفه الجنوبي بنى صحن للمسجد مرصوص بالرخام وجدرانه مطعمة بالفسيفساء المزينة بالأحجار الثمينة واستعملت في زخرفة بنائه المعادن الثمينة التي تعود لآثار الفن البيزنطي .
وأعمدة هذا البناء من الرخام الذي جُلب من مناطق مختلفة من العالم ، ويوجد في فناء المسجد الداخلي نافورات لغرض الوضوء ، وفي الزاوية الجنوبية من المسجد شيّدتمنارة من القرميد بدلاً من المنارة الحجري
و للمسجد قبة كبيرة و يعتبر القسم البرونزي الموجود في الجهة الجنوبية من المكتبة تحفة رائعة فجدران هذا القسم مغطاة ببلاط ثمين يعود صنعه إلى القرن الرابع عشر الميلادي و المسجد اليوم عبارة عن متحف أثري بني خارجة مسجد كبير ألحق بالمتحف .